Kronisk pankreatitt
Den klinisk viktigste differensialdiagnosen er kronisk pankreatitt, men selv ikke ved laparotomi kan man alltid skille kreft fra pankreatitt. Om man ikke kan utelukke kreft og pasienten er operabel, bør pasienten utredes og behandles som om det foreligger kreft.
Kreft i nærliggende organer
Kreft i papilla Vateri, duodenalkreft nær papillen og distal (intrapankreatisk) choledochuskreft har et klinisk bilde som, bortsett fra mindre grad av vekttap, er nærmest sammenfallende med det bildet som ses ved duktal kreft i bukspyttkjertelhode. Å skille disse ulike tumorformene i den periampullære regionen er svært vanskelig både pre- og peroperativt. Den kirurgiske behandlingen er imidlertid lik uansett tumors utgangspunkt. Den endelige diagnosen fås først ved histologisk undersøkelsen av operasjonspreparatet.
Metastaser
Metastaser fra andre tumorer til det retroperitoneale rommet bak og i caput, kan iblant være vanskelige å skille fra tumorer utgått fra bukspyttkjertelen. Det kan for eksempel dreie seg om metastaser utgått fra nyrer, bryst, tykktarm og ventrikkel samt metastaser fra melanom. I visse tilfeller kan radikal reseksjon gi helbredelse eller lang tids residivfrihet, og i noen enkelte tilfeller kan onkologisk tilleggsbehandling gi forlenget overlevelse og lang tids symptomfrihet.
Lymfom
Lymfom i bukspyttkjertelen er sjeldent.